El golpe de estado en Honduras de 2009 y la consecuente acción militar y sucesión presidencial (cuyo carácter de iure o de facto es polémico), es el resultado de un conflicto entre los tres poderes de la república de Honduras que enfrenta al presidente depuesto Manuel Zelaya contra el Congreso Nacional y la Corte Suprema sobre la legitimidad de una consulta no vinculante, la cual tenía como objetivo saber si los hondureños están de acuerdo en que en los comicios de noviembre se colocase una cuarta urna para votar un referendum y cambiar la constitución por medio de una Asamblea Constituyente. La Corte Suprema de Justicia, el Organo Superior Electoral, y el Defensor de Derechos Humanos han calificado la consulta como ilegal. A pesar de esas opiniones, Zelaya convocó la consulta para junio y ordenó al Ejército distribuir papeletas de votación, de conformidad con su papel en la realización de elecciones. Después de que el jefe del Ejército, Romeo Vásquez Velásquez, se negase a obedecer esta orden señalando que el referéndum había sido considerado ilegal e inconstitucional por la Corte Suprema y el Congreso, Zelaya lo destituyó de su cargo y los jefes de la Armada y la Fuerza Aérea renunciaron. 
El clímax de la crisis, ocurrido el 28 de junio, poco antes de que las urnas fuesen inauguradas para la consulta, ha sido identificado internacionalmente como un golpe de Estado: las fuerzas armadas hondureñas detuvieron a Manuel Zelaya en su casa, llevándolo a una base aérea de las afueras de Tegucigalpa[3] antes de enviarlo vía aérea a Costa Rica. Durante esta acción los sevicios de comunicaciones y el suministro de electricidad fueron interrumpidos durante unas 6 horas. Funcionarios del gobierno y otros políticos sospechosos de ser leales a Zelaya fueron detenidos. Más tarde, en el mismo día, la Suprema Corte hondureña anunció que los militares actuaron bajo sus órdenes, en base a una orden judicial que habría buscado hacer respetar la legalidad vigente e impedir una consulta considerada ilegal. Roberto Micheletti, presidente del Congreso y el siguiente en la línea de sucesión presidencial fue investido como presidente interino de la República por el Congreso Nacional.
El gobierno de Micheletti afirma que Zelaya fue arrestad
o en apego a la constitución y que la sucesión ha sido un proceso completamente legal de acuerdo a la leyes hondureñas, aunque ningún gobierno extranjero se ha adherido a la posición del nuevo gobierno y la mayoría lo consideran explícitamente producto de un rompimiento de las normas democráticas. El 29 de junio el ejecutivo encabezado por Roberto Micheletti comenzó a elaborar su gabinete y anunció que emprendería una campaña de reconocimiento internacional, y que gobernaría Honduras pese a la oposición y aislamiento internacional. La Asamblea General de la Organización de Estados Americanos convocó una sesión extraordinaria para el martes 30 de junio que tuvo como resultado reafirmar su demanda de que Zelaya sea restituido en su cargo. El mismo martes Zelaya anunció que regresaría a Honduras el proximo jueves, acompañado del representante de la OEA, mientras Micheletti afirmaba que Zelaya tiene orden de captura y sería arrestado si reingresase a Honduras. Mientras tanto en Tegucigalpa se han dado manifestaciones a favor y en contra del nuevo gobierno, y otras más se han convocado.
Antecedentes
La crisis política que llevó a los sucesos del 28 de junio de 2009 tiene origen inmediato en una consulta, promovida por Zelaya, que se realizaría ese día. La consulta había sido promovida principalmente por 400,000 hondureños, que por medio de sus firmas, habían pedido que se consultase al país sobre la instalación en las elecciones generales de noviembre próximo de una "cuarta urna" para que los ciudadanos decidiesen sobre la convocatoria de una Constituyente. Sin embargo, esta consulta popular no vinculante fue considerada como ilegal por la casi totalidad de los organismos gubernamentales del país. 
El 23 de junio el Congreso aprobó una ley cuyo fin era evitar la celebración de la votación. No obstante, el Presidente Zelaya continuó adelante con la promoción de la consulta y ordenó que se distribuyesen las tarjetas de votación. Cuando el Jefe del Estado Mayor Conjunto hondureño, el General Romeo Vásquez Velásquez, se negó a acatar esa orden aduciendo una contraorden del Tribunal Supremo de Justicia, Zelaya anunció su destitución en un mensaje televisado a la Nación. Poco después, el Ministro de Defensa y los comandantes de las tres ramas de la Fuerzas Armadas hondureñas renunciaron a sus cargos.
El 25 de junio, la Corte Suprema anuló la destitución del General Vásquez, mientras grupos militares tomaban la capital hondureña. Ese día, portavoces de Zelaya anunciaron que el Presidente estaba a punto de nombrar el sustituto de Vásquez. Al día siguiente la situación en Honduras parecía más calmada, y los militares abandonaban Tegucigalpa en dirección a sus cuarteles, luego de que el General Vásquez se los ordenase. Por su parte, Zelaya declaró en una entrevista que en realidad no había destituído al General, solamente había anunciado su futura destitución.
Poco después, el Presidente Zelaya irrumpió en una base de la Fuerza Aérea donde se guardaba el material electoral que el General Vásquez se había negado a distribuir, retirándolo del lugar.De acuerdo a la Fuerza Aérea hondureña, el Presidente de Venezuela, Hugo Chávez, envió este material a Honduras; pero Zelaya negó haber recibido financiamiento externo.
El 27 de junio, el día anterior a la consulta, el Congreso designó una comisión especial para investigar a Zelaya, supuestamente "por desconocer los fallos de las instancias jurisdiccionales y violentar el Estado de Derecho". Solamente cuatro diputados izquierdistas se opusieron a la moción del Congreso. Al enterarse que los principales grupos parlamentarios lo habían acusado de violar la constitución y de estar incapacitado mentalmente, Zelaya respondió:
Ustedes me han declarado la guerra, ahora aténganse a las consecuencias.
El Presidente hondureño resaltó el hecho que nunca le realizaron un exámen psiquiátrico, y calificó la medida de arbitraria. Además, atacó especialmente al Presidente del Congreso y miembro del partido oficialista, Roberto Micheletti, quien lo había llamado "transtornado":
¿Qué te pasa Roberto?. A mí me eligió el pueblo y no el Congreso. ¿Por qué me vas a inhabilitar, eres un pinche diputado de segunda categoría que saliste en ese puesto porque te di espacio en mi corriente.
De esta manera, al final del día la Fiscalía General, la Corte Suprema de Justicia y el Congreso de la República se habían unido a la opinión del Tribunal Electoral, declarando ilegal la consulta. El propio partido de Zelaya, el Partido Liberal de Honduras, manifestó también su oposición a la controversial consulta.
Acontecimientos
28 De Junio:
La madrugada del dia 28, unas dos horas antes de iniciarse la consulta popular
para saber la opinión de los hondureños sobre un futuro Referéndum constitucional, las fuerzas armadas hondureñas irrumpieron en la residencia presidencial, golpeando y sometiendo a la Guardia de Honor Presidencial, para posteriormente detener al presidente Manuel Zelaya. Luego, fue trasladado a la base de la Fuerza Aérea al sur de Tegucigalpa para ser llevado finalmente a Costa Rica. Durante la detencion del presidente Zelaya, un grupo de alrededor de 150 personas se reunieron fuera de la residencia presidencial, y tiraron piedras a los soldados, mientras gritaban "traidores, traidores".
Con la ausencia del presidente, la Constitución dicta que el Presidente del Congreso Nacional, Roberto Micheletti, asuma las funciones de jefe de Estado de forma provisional. Micheletti decretó el toque de queda por 48 horas con posibilidad de ampliación, mientras se sucedían las protestas contra el golpe. Otra de las medidas de represión fue la prohibición de trasmisiones de cadenas internacionales dentro de Honduras. También fueron detenidos por fuerzas militares varios periodistas, quienes posteriormente fueron puestos en libertad.
Las Fuerzas Armadas hondureñas desplegaron un dispositivo preventivo con varios aviones de combate y con soldados en las calles de Tegucigalpa, donde la policía lanzó gases lacrimógenos contra simpatizantes de Zelaya que se manifestaban en el centro de la ciudad. Cortaron la electricidad, telefonía e Internet del país.
También fueron secuestrados por las tropas insurrectas los embajadores de Cuba, Nicaragua y Venezuela y la canciller hondureña Patricia Rodas. Además, el congresista y líder popular César Ham fue asesinado por los golpistas cuando iba a ser arrestado por éstos.
En sesión del Congreso Nacional de Honduras del 28 de junio de 2009, se leyó una presunta carta de renuncia presentada por el presidente Zelaya y se aceptó la misma. Sin embargo, desde Costa Rica el presidente Zelaya desmintió haber presentado tal renuncia, y manifestó que ello demostraba que no se trataba solamente de un golpe militar sino de una conspiración en su contra. También hizo un llamado a la desobediencia civil contra lo que él denominó la "élite voraz 
que hace retroceder a Honduras". Horas después, el Congreso volvió a sesionar y resolvió por unanimidad la destitución del presidente Zelaya, por considerar que las acciones de gobierno de éste habían violado la Constitución y el ordenamiento jurídico del país, y designó para sucederlo al presidente del Congreso, Roberto Micheletti, con el compromiso de que el mismo permanecerá en el cargo solamente hasta la terminación del mandato de Zelaya en enero de 2010. Por medios de televisión internacional se conocieron los detalles de la carta de renuncia, antes desmentida por el Presidente Zelaya, fechada el 25 de junio y que justificaba la renuncia principalmente por razones de salud.
29 De Junio:
Para el 29 de junio se han dado manifestaciones de miles de personas a favor del gobierno interino de Micheletti. Durante las protestas contra el gobierno interino de
Micheletti se han producido muertos, decenas de heridos, y varias decenas de detenidos en los alrededores de la Casa Presidencial, ante la que protestaban más de 25,000 personas. Dos personas habrían muerto como consecuencia de los enfrentamientos entre manifestantes y soldados; Juan Barahona, dirigente de la Central Unitaria de Trabajadores, afirmó que los soldados dispararon contra la multitud con fuego real. Los medios de comunicación fueron sacados del aire, sustituido por música tropical, telenovelas, y programas de cocina. La organización Reporteros sin Fronteras condenó el "apagón de noticias" y la agencia Reuters informó de la utilización de Twitter para vencer la censura.
El presidente de la Comisión de Paz de Honduras, el Dr. Juan Almendares, relató a Democracy Now! que:
"los militares están tomando medidas represivas contra algunos miembros del Gobierno legítimo del Presidente Zelaya y líderes populares. En efecto, hay un paro nacional de trabajadores, estudiantes e intelectuales, y se esta organizando una resistencia popular por medio de las manifestaciones pacificas contra esta violación de la democracia".
Hacia las últimas horas del díaa 29 de junio, se tenía información de que dos batallones del Ejército hondureño se había sublevado contra el gobierno interino.
30 De Junio:
La presion ejercida sobre el gobierno golpista continuó creciendo dado que la Asamblea General de las Naciones Unidas aprobó por unanimidad una resolución que pedía el restablecimiento del Presidente Zelaya. Zelaya habló ante la Asamblea General, donde fue aplaudido en varias ocasiones. No está claro si Zelaya viajará a Washington DC para hablar con el Presidente Barack Obama antes de su prometido regreso a Honduras.
1 De Julio:
El Congreso hondureño con excepción del Partido de Unificación Democrática, decretó este día, la suspensión de las garantías individuales otorgadas por la constitución de la nación centroamericana.
El embajador de Honduras ante Estados Unidos, Roberto Flores Bermúdez, único que regresó al país para consultas, afirmó a su llegada que la "remoción" de Manuel Zelaya de la Presidencia "no es un golpe de Estado" . Ante estas declaraciones, el presidente de la república en el exilio, a través de la vicecanciller, Beatriz Valle, destituyó a los embajadores de Honduras en Washington D. C. y en Bruselas.
El Gobierno y Su Posicion
En su primera alocución como Presidente interino de Honduras, Micheletti negó haber alcanzado dicho cargo "bajo la ignominia de un golpe de Estado", calificando de "proceso de transición absolutamente legal" el proceso por el cual alcanzó la presidencia, afirmando que el ejército había cumplido "con la función que le ordenó la Corte Suprema de Justicia a través de los juzgados, la fiscalía y el mayor sentimiento del pueblo hondureño". Asímismo, se comprometió a mantener la celebración de las elecciones previstas para el 29 de noviembre de 2009 y a trabajar para que éstas fueran "las más transparentes y las más democráticas de la historia de Honduras". Micheletti aseguró que abandonaría el cargo tras la celebración de las mismas, el 27 de enero de 2010.
A pesar de dichas declaraciones, la comunidad internacional se mostró reacia a reconocer a Micheletti como Presidente de Honduras. Los representantes de diferentes países y organizaciones internacionales se mostraron de forma unánime a favor del "respeto a las normas democráticas" y en contra de la intervención militar del 28 de junio. Hasta el momento ningún país soberano ha reconocido a Micheletti como Presidente de Honduras. El Presidente en funciones aseguró que gobernaría el país hasta enero de 2010 "pese al rechazo internacional".
El 30 de junio de 2009, y en medio del aislamiento internacional y de disturbios en las calles, Roberto Micheletti tomó juramento a sus primeros ministros. Enrique Ortez fue nombrado Canciller en sustitución de Patricia Rodas, expulsada a México por miembros de las Fuerzas Armadas. El cargo de Vicecanciller fue ocupado por Martha Lorena Alvarado; como Ministra de Finanzas juró Gabriela Núñez, que había ocupado la presidencia del Banco Central de Honduras al inicio de la presidencia de Manuel Zelaya; el periodista René Zepeda fue nombrado ministro de Información y Prensa y Adolfo Lionel Sevilla como ministro de Defensa.
El nuevo canciller Ortez afirmó que uno de sus primeros retos sería convencer a la comunidad internacional de que la intervención militar del 28 de junio no fue un golpe de estado: "quiero que la comunidad internacional me de la oportunidad de sentarme en el banquillo de los acusados para poder explicar que la separación de Manuel Zelaya se hizo en base a la Constitución de la República", declaró.
Respecto al regreso de Zelaya a Honduras, planificado para el 2 de julio, Micheletti afirmó que será recibido con una orden de captura:
Los tribunales de justicia de mi país tienen órdenes de captura contra él porque ha incumplido con las leyes y entonces el Congreso nacional se basó precisamente en eso. Se le dieron tres órdenes de captura y él no las quiso cumplir
El 2 de julio de 2009, el gobierno interino canceló la tarjeta de crédito oficial del presidente en el exilio Manuel Zelaya Rosales, quien habría gastado alrededor de 80 mil dólares toda vez que fue expulsado a Costa Rica apenas en ropa de dormir.
Reaccion Interna
Manifestaciones de la población
Simpatizantes de Zelaya
Representantes de movimientos sociales simpatizantes de Zelaya y de los sindicatos de Honduras han anunciado una huelga general a partir del lunes en demanda del regreso de Zelaya al país. El presidente del Comité para la Defensa de los Derechos Humanos en Honduras, Andrés Pavón, indicó que se ha creado un frente cívico patriótico para repudiar a Micheletti.
Censura de prensa
Periodista locales y corresponsales internacionales reportaron cortes de energía a nivel nacional desde el día domingo 28 de junio, así como la suspensión de la transmisión de los informativos locales e internacionales. En sus páginas editoriales el día 30 de junio el diario Tiempo de Honduras manifestó: "nunca se había sufrido en Honduras una violación tan profunda y masiva de la libertad de expresión, debido a la intervención gubernamental, ni en las más oscuras épocas de franca dictadura". Mientras que el editorial del diario El Heraldo hablaba de una "clara violación de derechos fundamentales" a causa del "Golpe de Estado" y manifestó su preocupación por la dificultad a la que se enfrentaba el gobierno interino para justificar la "toma de medios de comunicación" ante la comunidad internacional. De igual forma el editorial del diario La Tribuna del 30 de junio manifestó su preocupación por las limitaciones a la libertad de expresión.
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